Κυρίως μέσα από δράσεις και προγράμματα επιδιώκει να προβάλει την ιστορική, γεωπολιτική και γεωστρατηγική θέση της Κύπρου ως γέφυρας μεταξύ Ανατολής και Δύσης, θρησκειών και πολιτισμών. Ταυτόχρονα, μέσω των ερευνητικών προγραμμάτων, αποβλέπει στη διερεύνηση της ελληνικής και χριστιανικής ταυτότητας των πολιτισμών της Ανατολής και στην καλλιέργεια και διατήρησή της.

Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε θέματα που αφορούν στην ιστορία και πορεία ζωής των Ορθοδόξων Παλαιφάτων Πατριαρχείων (Οικουμενικού Πατριαρχείου, Πατριαρχείου Αλεξανδρείας, Πατριαρχείου Αντιοχείας και Πατριαρχείου Ιεροσολύμων). Επίσης, επικεντρώνεται στην εξέταση θεμάτων όπως η γραμματολογική παραγωγή, η Θεολογία, η μελέτη χειρογράφων και γλωσσών, και γενικά σε θέματα από τους τομείς των Ανθρωπιστικήν και Κοινωνικών Επιστημών.

Με τη χορήγηση Ερευνητικών Υποτροφιών η Ακαδημία επιδιώκει να στηρίζει την επιτόπια (in situ) έρευνα ακαδημαϊκών, προερχόμενων κυρίως από ακαδημαϊκά και ερευνητικά ιδρύματα από την ευρύτερη περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου και της Μέσης Ανατολής, σε αρχεία, αρχαιολογικούς χώρους, εκκλησιαστικά και άλλα μνημεία, αντικείμενα ή μέσα πολιτισμού στην Κύπρο, σε μια απόπειρα ενθάρρυνσης της έρευνας της περιοχής και της προσπάθειας αναδίφησης στον πολιτισμό και τις συνδέσεις μεταξύ των χωρών.

Οι Ερευνητικές Υποτροφίες δύνανται να παραχωρούνται σε φοιτητές τριτοβάθμιας εκπαίδευσης σε όλα τα στάδια των σπουδών τους, νέους ερευνητές στα πρώτα στάδια της έρευνάς τους, καταξιωμένους ερευνητές και ακαδημαϊκούς, εμπλεκόμενους στους τομείς των επιστημών, γραμμάτων και τεχνών, οργανωμένους φορείς και σύνολα. 

Πληροφορίες για τα Ερευνητικά Προγράμματα και τις Ερευνητικές Υποτροφίες θα ανακοινώνονται καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους.